一切如他所料，外面的世界，是如此的残破可怕。这是他一手造成的，想到这一点，他就浑身激动得战栗。这世上再也没有一个人如他一般，能够以人类之躯做到这种神明之事。他就是神，他将成为一切的主宰，他比他的父亲，比希特勒不知伟大多少倍。
他将永生不灭。
他开始四处征战，就以他的地下基地为据点，东征西讨，以他手中强大的资源，吸引了大量的人投靠他，又以他强大的管理能力，将自己的地盘经营得风生水起，固若金汤。就这样，他迅速统一了整个旧华夏国土上大大小小的各个势力，并于2100年，正式建立联邦，开始了人类的新纪元。
期间，他再度接收到了拉菲努的声音，原来拉菲努已经来到了陆地之上，他派人秘密接回拉菲努，两人终于在百年后见到了彼此。可是当时的拉菲努已经相当苍老，根本不是鲁道夫想象中那样的绝世美人。原本，沉没的亚特兰蒂斯大陆在巨型磁欧石的作用下与天外巨怪融为一体，是能够永葆其内的人青春永驻的，就像休眠舱一样，其内的人都处在休眠的状态中。但是拉菲努不一样，她的思维最为活跃，活动最为频繁，为了能和鲁道夫加强联系，她甚至强迫自己彻底苏醒了过来，因此加快了衰老的过程。
大灾后，在被巨型虫胞喷吐出来着陆时，包裹她的母胎意外破裂，温养身体的液体流失了大半，也成了她寿命消减的关键。鲁道夫很着急，拉菲努不能死，他必须找到办法让她重回青春，这也关系到他自己的永生计划。鲁道夫一直在注射药物延长自己的生命，可他依旧挡不住地继续衰老下去。拉菲努对此却早有考虑，她将自己的计划向鲁道夫和盘托出，就是要将亿万人精神力量集聚起来，形成蓄魂池，拉菲努便有办法灵魂脱体，转胎重生。
于是很快，九神系统在两人的推动下诞生，拉菲努以她上古文明的庞大积累，为鲁道夫创造了必要的条件。这真是一个伟大又两全其美的发明，一来鲁道夫向着梦寐以求的人类思想统一的目标迈出了最关键的一步；二来，这也是能够保佑他与拉菲努永生不死的神器。
然而，拉菲努的精神力量太过庞大了，虽然成功脱体，但却找不到合适的转生之躯，只能一直温养在蓄魂池之中。鲁道夫却没有那么强大的精神力量，便率先尝试寻找身躯转世。他本来考虑的是转生到儿子康拉德的身上。但后来放弃了，这一次转生，只是一次实验，若是不成功，将康拉德弄死了，可就得不偿失了。安德烈斯家族的家业，还要依靠康拉德来维持。何况康拉德的身体也已经衰老，并不合适，当初选择那么迟才要继承人，依旧是计划赶不上变化。孙子辈里，鲁道夫其实看中了克里埃尔的身躯，他打算等这一次试验成功，便转生克里埃尔，他就可以顺理成章地继续统治整个联邦。他这个孙子克里埃尔太过仁慈，确实不适合做统治者。
然而他没有想到，原本一切顺利进行的计划，竟然会出了岔子。他刚成功转生在工人安德鲁的身上后，就被牧心盯上了。不得已，他只能低调行事，并思考逃脱之计。工厂大爆炸，他借此金蝉脱壳。之后几年时间里，他做了不少事，比如暗中组建了反叛者组织——星火，是打算放长线钓大鱼的，但是失败了，这个组织成了他人的嫁衣。
此后，ibm5100的秘密也不小心泄露了出去，曾经陪伴了他漫长地下岁月的记忆库也被盗走。形式急转直下，鲁道夫开始着急了。
牧黎的出现，对他来说是巨大的危机，同时也是巨大的转机。牧黎的精神力量庞大，代表着她很有可能是唯一能够承受拉菲努转世的身躯。牧黎的阵营变换频繁，一人身兼七种阵营，九神系统却始终没有警报。这都是拉菲努在暗中调控的，而并非真的是弗里斯曼的精神改造成功了。拉菲努在九神系统中温养多年，其实在一定程度上是能够监控九神系统的。在牧黎的精神接入九神系统的时候，她就开始关注牧黎，这个女孩，成为了她眼中最重要的人，是她未来的躯体。
不过对于鲁道夫来说，牧黎脑海中的记忆库，却也成为了暴露鲁道夫当年秘辛的关键证据。鲁道夫几番想活捉牧黎，却被查克·弗里斯曼挡去。但他还有早就留了的一招没有使出。
哪里有ib5100的秘密泄露出去时，鲁道夫没有气馁，干脆连地点都透露给了弗里斯曼。这是天赐良机，他能够更加方便获得牧黎的行踪。将对方暴露在明处，自己则隐于暗处，是极为高明的一招。宙斯号作为他的秘密武器，更是给了他无穷的自信。此番，他必然要抹平一切隐患，彻底达成他的目的！