此后，徐鸿儒率军攻打郓城，郓城知县余子翼闻风丧胆，仓皇逃遁。义军迅速占领郓城，并向巨野发起进攻，锋芒所指，所向披靡。义军所到之处，开仓放粮，救济百姓，农民百姓纷纷“子报父仇，妻衔夫恨”。义军威名远震，短短几天，便发展到数万人，各地地主富绅惊恐万状，纷纷逃亡。
紧接着，徐鸿儒挥师东进，渡过运河，会同其它原白莲教传头沈智﹑夏仲进﹑张柬白﹑侯五﹑周念庵﹑孟先汉等﹐攻克邹县，署印通判郑一杰携家而逃。接着，义军挥师滕县，知县姚之胤望风而遁。
邹、滕二县北邻济宁，南接徐州，是运河漕运的重要地段，为明朝统治者经济命脉上的要点。邹滕二县失守对大明王朝是个很大的威胁。朝廷得知，惊呼“此地一坏，国家进退之路已穷”。急令山东巡抚赵颜为总指挥，同时起用退职回家的沂州人、前大同总兵杨肇基为山东总兵官，全力镇压徐鸿儒的起义军，企图收复邹县。孟子六十六代孙孟承光也带领乡勇协助官军攻城，最后仍被义军打退。义军攻破孟府，将孟承光及其长子孟宏略杀死。
此时，由于辽东战事紧张，女真人虎视眈眈，拖得明军疲惫不堪，无力派兵围剿徐鸿儒，客观上为徐鸿儒义军的壮大提供了有利条件。徐鸿儒趁此机会以邹县为中心，用较长时间和较多兵力固守这座城池，并以此为根据城，派遣部队进攻兖州、曲阜，西攻巨野，还远征沛县、日照和郯城，横戈运河，纵横驰骋于鲁南广大地区。
见徐鸿儒义军日渐势大，朝廷只好下令山东都司杨国盛、廖栋召募兵丁，汇集乡勇，加紧训练，并调派官兵，协助进剿。由于几路官军的联合围攻，远征的义军被官兵打败，郓城县城也被官兵夺回，进军受阻，形势对义军极为不利。
接着山东都司杨国盛、廖栋合军攻打邹县，敌众我寡，城中义军形势危机。面临危局，徐鸿儒沉着应战，冷静分析，统观全局，积极寻找战机，并鼓励将士振奋精神，他当机立断，力排众议，放弃争夺巨野、郓城，挥师东进，三渡运河，抄袭官兵后路。杨国盛、廖栋招架不住，随解邹县之围。七月，徐鸿儒经过侦察，决定灵活用兵，避实击虚，直插运河重要渡口夏镇，抓住京杭运河的咽喉，切断朝廷漕运粮饷的通道，并在彭家口截获官府粮船四十艘。为了集中兵力迎击官军，徐鸿儒命令义军猛烈攻击，曲阜知县孔闻礼据城固守，数月攻城不下。这时，山东司杨国盛援兵又到，徐鸿儒决定放弃攻城计划，一方面佯攻曲阜，主力却抄袭官军营，把杨国盛杀得落花流水，敌将张榜被杀死，收缴了大批粮草和武器。
与此同时，全国各地响应徐鸿儒的农民起义又风起云涌，于弘志于七月在武邑和景州交界的白家屯起义;九月，泽县的康傅夫率众起事;河南汝宁府固始县李恩贤起义，声援徐鸿儒，四川原白莲教徒也纷纷起义响应徐鸿儒。一时间，起义的烽火漫天烧起，大有席卷全国之势，震撼了整个大明王朝。
但是，由于起义准备不足﹐加之明廷派大军合力进剿﹐七月﹐各友军先后失败﹐郓城﹑钜野失守。在取得一系列胜利之后，义军没有采取机动灵活的策略，乘机扩大战果。在敌强我弱的大形势下，反而采取了固守一城一池的消极的作战方法。九月，徐鸿儒进攻兖州失利后，仍然固守邹县，与敌人硬拼，义军被围困三个月。十一月，城中弹尽粮绝。徐鸿儒与义军高尚宾、欧阳德、许道清等数百人仍顽强坚持战斗，决心与城共存亡。
谁知义军中又出了叛徒，都督侯王、总兵魏七等把徐鸿儒捆绑起来，打开城门向明军投降，徐鸿儒被俘，起义失败。
十二月，徐鸿儒和其父徐东明、母亲傅氏及重要部属等十八人被押送北京城。
从起事到失利，徐鸿儒领导的这次农民起义历时一百九十多天，大明朝野尽皆闻之色变，影响巨大。
高杰在离开京城去往辽东时，正是徐鸿儒义军渐入困境之时。而等他回到京城，已是第二年的一月，徐鸿儒此刻已经被押解在京城，准备问斩。
听着“神医”徐鸿儒领导义军征战过程，高杰神色变幻不定，一会激动、一会震惊，最后变成了悲伤和痛惜。待得净空师太讲完，他沉声道：“师父，徒儿刚从辽东回京没几天，并不知道徐神医被俘。如今既知他老人家关在京城，我这边派人前去打探，无论如何也要将他救出来！”